Traditionell werden 24 bis 32 Unterarten des Pumas unterschieden. Zwei im östlichen Nordamerika beheimatete Unterarten gelten als ausgestorben. Als besonders bedroht gilt der Florida-Panther (P. c. coryi), der in den Everglades-Sümpfen die Ausrottungswellen überlebt hat (siehe unten).

Neuere molekulargenetische Untersuchungen (M. Culver et. al.) legen allerdings den Schluss nahe, dass es in Wirklichkeit nur sechs Unterarten gibt und die Unterscheidung von mehr Unterarten einer wissenschaftlichen Grundlage entbehrt. Mit Ausnahme einer Population im Nordwesten der USA stellen alle Pumas Nordamerikas eine homogene Population dar. Mittel- und Südamerika zeigen eine größere Variabilität. Diese Befunde werden darauf zurückgeführt, dass der Lebensraum des Pumas während der letzten Eiszeit auf Südamerika beschränkt war, mit Ausnahme einer nicht vereisten Enklave in den nordwestlichen USA. Mit dieser Studie geht auch eine Neubewertung der ausgestorbenen und bedrohten Unterarten einher.